時に19世紀――東南アジア。植物採集家のノアは、植物の根より記憶を辿ることができる「起源追想」という特殊能力を持つ。「起源追想」の最中、引き剥がすと精神を根に持って行かれ死んでしまう。そんな彼の助手兼護衛のラジャードは元海賊。かつて海賊の護衛をしていたほどの剣の腕。二人はディーバ商会から植物採集の依頼を受け、希少な植物を求め世界中を飛び回る！

人が巨大な虫になる奇病[カガステル]が発症。虫(カガステル)は理性を失い、人を襲い、繁殖し続ける。人類が虫(カガステル)の“駆除”を認めたのは、人口の三分二が喰い殺された後だった――。“駆除屋”として生きる少年・キドウは、“虫籠”で死にかけた男を発見。男は娘を託し息を引き取る。残された娘・イリは、父が死んだ哀しみでその場を動こうとしない。キドウはそんな少女の頬を叩き、言い放つ。「生きる気がないならここで死ね」――それが二人の出会い。